1997年，全县面积3013平方千米，人口47.8万。辖4镇50乡。县政府驻南宾镇。

1913年设石砫县。以石潼关、砫蒲关二名首字而得名。县东有石砫山。1959年改石柱县。1983年改为自治县。

1999年3月1日，凤凰乡人民政府驻地由磨盘村迁移至高岗院村，并将大歇乡高岗院村（面积3.77平方千米，人口955人）划归凤凰乡管辖。乡级行政区域调整后，凤凰乡面积49.57平方千米，人口6817人，辖10个村委会；大歇乡面积39.36平方千米，人口18003人，辖17个村委会（渝府[1999]42号）。

2000年，石柱土家族自治县辖南宾、西沱、临溪、黄水4个镇；大歇、凤凰、灯盏、华丰、双庆、河坝、大河、三店、永和、下路、金彰、天泉、三树、三星、五斗、三汇、六塘、王家、河嘴、黎家、马武、黄鹤、洗新、新乐、漆辽、木坪、都会、万宝、石流、中兴、王场、黎场、沿溪、坡口、万朝、沙子、栗新、金竹、金岭、湖镇、卷店、蚕溪、中益、官田、悦来、鱼池、龙沙、桥头、三益、东木坪、冷水、枫木、洋洞、石家54个乡。　根据第五次人口普查数据：全县总人口484876人，其中：南宾镇 33205人、临溪镇 18453人、西沱镇 12727人、黄水镇 6746人、大歇乡 18372人、凤凰乡 6592人、灯盏乡 13820人、华丰乡 13348人、双庆乡 12590人、河坝乡 1307人、大河乡 8223人、三店乡 6151人、永和乡 6132人、下路乡 17834人、金彰乡 9887人、天泉乡 5961人、三星乡 9515人、三树乡 9860人、五斗乡 3616人、三汇乡 7530人、六塘乡 4277人、王家乡 9049人、河嘴乡 11425人、黎家乡 5181人、马武乡 9411人、黄鹤乡 3950人、洗新乡 4838人、新乐乡 4382人、漆辽乡 1605人、木坪乡 2199人、都会乡 915人、万宝乡 1190人、 石流乡 2577人、中心乡 14524人、王场乡 16841人、黎场乡13158人、沿溪乡 11652人、坡口乡 13453人、万朝乡 10497人、沙子乡 5472人、栗新乡 3064人、金竹乡 1655人、金铃乡 3561人、湖镇乡 3723人、蚕溪乡 3345人、卷店乡 2928人、中益乡 4700人、官田乡 3123人、悦来乡 13237人、鱼池乡 11427人、龙沙乡 14390人、桥头乡 12577人、三益乡 5169人、东木坪乡 6830人、冷水乡 5344人、枫木乡 10545人、洋洞乡 1673人、石家乡 9120人。

2001年7月2日，重庆市人民政府（渝府[2001]127号）批复同意石柱土家族自治县将58个乡镇调整为32个乡镇，其中撤销47个乡镇，保留11个乡，新设12个镇、9个乡。大歇、三河、三星、万朝等4个乡建镇条件暂不成熟，仍维持乡建制。调整后，乡镇平均面积由原来的51.9平方千米扩大至94.1平方千米，乡镇平均人口由调整前的8909人增至16148人。

一、撤销南宾、西沱、黄水、临溪4个镇及大歇、凤凰、灯盏、华丰、双庆、大河、三店、永和、河坝、下路、金彰、三树、三星、五斗、三汇、六塘、天泉、马武、石流、木坪、都会、万宝、黄鹤、漆辽、沙子、蚕溪、卷店、栗新、湖镇、官田、中益、东木坪、洋洞、冷水、悦来、龙沙、鱼池、黎家、中兴、王场、沿溪、坡口、万朝等43个乡。

二、保留枫木、河嘴、洗新、新乐、金铃、金竹、石家、桥头、三益、王家、黎场等11乡行政区域不变。

三、新设12个镇、9个乡

南宾镇：政府驻地南宾镇正街居委会18号。管辖原南宾镇、灯盏、华丰、双庆乡及河坝乡的新桥、花果、茶坪村和大歇乡的刘家、大坝村及天泉乡的桂花、中坪、宝塔村行政区域，面积144平方千米，总人口76390人，其中非农业人口42747人，辖40个村委会，7个居委会。

西沱镇：政府驻地罗家湾。管辖原西沱镇、中兴乡所属行政区域，面积62平方千米，总人口30219人，其中非农业人口11534人，辖7个村委会，4个居委会。

黄水镇：政府驻地黄水坝。管辖原黄水镇、洋洞乡和东木坪乡的茶花、南花、明月、石井村所属行政区域，面积157平方千米，总人口8458人，其中非农业人口2580人，辖14个村委会。

临溪镇：政府驻地临溪场。管辖原临溪镇、黎家乡所属行政区域，面积149平方千米，总人口22892人，其中非农业人口8960人，辖25个村委会。

悦崃镇：政府驻地悦来场。管辖原悦来乡的古城、茶山、南桠、五岗、蜜酿、红谷、寺院、高桥、水车、双建、联丰、桃红村和东木坪乡的长岭、东木、长征、双院、绿水、黎明等村所属行政区域。面积170平方千米。总人口19928人，其中非农业人口2121人，辖18个村委会。

龙沙镇：政府驻地油房。管辖原龙沙乡所属行政区域，面积78平方千米，总人口15368人，其中非农业人口4382人，辖16个村委会。

渔池镇：政府驻地渔池坝。管辖原渔池乡和悦来乡的洋河、黄金村等所属行政区域，面积93平方千米，总人口12492人，其中非农业人口3295人，辖13个村委会。

下路镇：政府驻地下路坝。管辖原下路、金彰乡和三树乡的湖海、凤鹤、大冲、赵店、丰坪、天池村及天泉乡的花园、先锋、石岗等村所属行政区域，面积158平方千米，总人口38709人，其中非农业人口5034人，辖30个村委会。

沿溪镇：政府驻地白鹿。管辖原沿溪乡和坡口乡的飘扬、活水、向阳、长乐、风云、风景等村所属行政区域，面积56平方千米，总人口21929人，其中非农业人口1563人，辖18个村委会。

沙子镇：政府驻地沙子关。管辖原沙子、卷店、湖镇等乡和栗新乡的蜗鱼、盘龙、红坡、马鞍、栗坪等村所属行政区域，面积168平方千米，总人口14401人，其中非农业人口1897人，辖21个村委会。

马武镇：政府驻地马武坝。管辖原马武、石流乡和木坪乡的春光村等所属行政区域，面积91平方千米，总人口12039人，其中非农业人口1768人，辖12个村委会。

王场镇：政府驻地王场。管辖原王场乡所属行政区域，面积57平方千米，总人口16696人，其中非农业人口4359人，辖17个村委会。

大歇乡：政府驻地大歇塘。管辖原凤凰乡和大歇乡的茶店、菜田、都云、杉木、双苋、大茶、陈高、亮厂、会家、大歇、高庄、杨柳、仙桥、高庙、邓家等村所属行政区域，面积131平方千米，总人口22072人，其中非农业人口2112人，辖25个村委会。

三河乡：政府驻地辗盘店。管辖原大河、永和、三店、蚕溪等乡所属行政区域，面积100平方千米。总人口24080人，其中非农业人口4872人，辖27个村委会。

三星乡：政府驻地三星半月。管辖原三星乡和五斗乡的平安、五斗、风光、中院、万宝、下寨及三树乡的龙池、三树、滑石等村所属行政区域，面积102平方千米，总人口16528人，其中非农业人口2837人，辖18个村委会。

六塘乡：政府驻地六塘坝。管辖原六塘、三汇乡和五斗乡的凉风村、河坝乡的天坪村、漆辽乡的中河、五河、干河等村所属行政区域。面积129平方千米，总人口13678人，辖21个村委会。

黄鹤乡：政府驻地大坝场。管辖原黄鹤乡和漆辽乡的文河、山坪村所属行政区域，面积47平方千米，总人口4313人，辖7个村委会。

木坪乡：政府驻地龙潭坝。管辖原都会、万宝乡及木坪乡的龙潭、四坪、通塔、阳光、春风等村所属行政区域，面积136平方千米，总人口4545人，辖12个村委会。

中益乡：政府驻地中坝场。管辖原中益乡和官田乡所属行政区域，面积155平方千米，总人口8175人，辖15个村委会。

冷水镇：政府驻地冷水溪。管辖原冷水乡和栗新乡的学龙村所属行政区域，面积74平方千米，总人口5425人，辖9个村委会。

万朝镇：政府驻地万槽。管辖原万朝乡和坡口乡的联合、朱水、新丰、高峰、石方、东墙等村所属行政区域。面积74平方千米，总人口16603人，其中非农业人口2235人，辖17个村委会。

2002年7月31日，木坪乡更名为龙潭乡（渝府[2002]123号）。2002年，石柱土家族自治县辖12个镇、20个乡，11个居委会、496个村委会。年末户籍总人口51.11万人，其中非农业人口6.46万人。

2004年9月28日，冷水乡政府驻地由冷水溪迁移至菜子坝（渝府[2004]243号）。

2008年，石柱土家族自治县辖12个镇、20个乡：南宾镇、西沱镇、下路镇、悦崃镇、临溪镇、黄水镇、马武镇、沙子镇、王场镇、沿溪镇、龙沙镇、渔池镇、大歇乡、三河乡、万朝乡、黎场乡、三星乡、六塘乡、桥头乡、三益乡、王家乡、河嘴乡、石家乡、冷水乡、枫木乡、中益乡、洗新乡、黄鹤乡、龙潭乡、新乐乡、金铃乡、金竹乡。

2009年，三河乡、大歇乡、桥头乡、冷水乡、万朝乡实施乡改镇，即全县辖区内辖17个镇、15个乡，共32个乡镇。县人民政府驻南宾镇。

2009年，撤销三河乡、桥头乡、万朝乡、大歇乡、冷水乡，设立三河镇、桥头镇、万朝镇、大歇镇、冷水镇。撤乡设镇后，三河镇、桥头镇、万朝镇、大歇镇分别辖原三河乡、桥头乡、万朝乡、大歇乡行政区域，镇政府驻地不变。冷水镇辖原冷水乡行政区域，镇政府驻梨子坪。